自井上提出了“古学派”概念之后，这一说法便被明治以来的日本学者所继承，如有马祐政的《日本伦理学史》、大江文城的《日本伦理学史》、岩桥遵成的《大日本伦理思想发达史》、高桥俊秉的《日本教育史》、安达久的《日本教育思想史》、矢吹庆辉的《日本精神与日本佛教》、永田广志的《日本哲学史》、内田繁隆的《日本政治思想研究》等等，他们对江户古学派的认识几乎与井上相同。
然而，丸山真男的《日本政治思想研究》一书的问世，则凸显出日本学界对古学派的新认识，“近代性”的取向被赋予古学派的解读之中。
虽然，丸山的《日本政治思想研究》出版于１９５２年，但构成该书的各章内容全都是刊载于１９４０年至１９４４年《国家学会杂志》上的文章，成书出版时未做太大的修改，“正文的修改……限定在最少的限度，大部分是更改了误排和不明确的表述、删除了冗长之处、前后形式的统一等技术性的处理。”
也就是说，该书的主旨代表了１９４０年至１９４４年间丸山的思想取向，并非战后的丸山思想。在《日本政治思想研究》中，丸山虽将“古学派”的研究置于“前近代”的历史脉络之中，但却认为，日本的“近代性”思想在江户时代就已经存在，不是西方影响下的明治时代的产物，其产生于江户幕府的官学（朱子学）被古学派逐渐分解的过程，这一过程开始于山鹿素行，继之于伊藤仁斋，完成于荻生徂徕。
换言之，古学派对朱子学的质疑、批判与解构的思想过程不仅萌生古学思想，还产生了“近代性”的价值取向。对于“近代性”，丸山并未率先给出明确的概念，而是引用黑格尔的“中国历史停滞论”来说明古代中国的落后。
在他看来，中国古代王朝虽政权更迭频仍，但作为历代官学的儒学却没有发生根本性的改变，其凸显出的三纲、五常等伦理道德始终发挥着维系国家、社会稳定的作用，因此，中国古代社会从未出现过取代儒学的思想，即使道教、佛教亦未能对儒学产生致命的打击，故中国古代不具备产生“近代性”意识的思想基础，这一情况直至西方近代思想的传入才发生根本性改变。
重要的是，丸山不但从思想层面补充了黑格尔的观点，还直接将“中国历史停滞论”与中国朱子学关联起来，成为其研究“古学派”的预设前提。考察日本儒学史，《论语》等中国儒学经典至少在３世纪就传入日本，但儒学真正在日本社会的大规模盛行却是始于江户初期。
这一情况的出现与德川家康借助儒学来稳固政治秩序的需要密切相关，再加上藤原惺窝、林罗山等学者的推动，使得儒学（主要朱子学）由禅僧研习的专业知识转为普通民众可学习的一般知识，“政治家的需要与学者的迎合，使能够给德川幕府带来世俗统治秩序的程朱理学，开始在日本落脚”。
于是，众多的朱子学派开始出现，根据井上哲次郎在《日本朱子学派之哲学》中的归纳，当时的朱子学至少已形成了“京学派及惺窝系统”“惺窝系统以外的朱子学派”“南学及闇斋学派”“宽政以后的朱子学派”和“水户学派”等，
而朱谦之则在此基础上进一步地细分为，“京都朱子学派”（藤原惺窝、林罗山为代表）、“海西朱子学派”（贝原益轩为代表）、“海南朱子学派”（谷中时、野中兼山为代表）、“大阪朱子学派”“宽政以后朱子学派”和“水户学派”等。
虽然，江户初期涌现出诸多朱子学派，但丸山却指出他们只是忠实地介绍了中国朱子学的思想与学说，并无新的创建，即便是藤原惺窝和林罗山二人，也只是起到示例作用。也就是说，丸山将江户朱子学与中国朱子学等同对待，指出江户朱子学的思想就是中国朱子学的思想，二者无太大的差别。
在朱子学的体系内，其“本体论”源自周敦颐的《太极图说》，后经二程、朱熹的发展，“理”成为宇宙万物的本体，二程、朱熹的解释则与周敦颐不同，他们以“本然之性”和“气质之性”解之，认为，本体的“理”具有“诚”的本质，所赋予的人之性是“本然之性”，故它的特质为“善”。
然而，由于“气”有浑浊、厚薄之异，当其赋予“人”之时所产生的“气质之性”就含有“善恶”之分，因此，道德实践的目的就是由“气质之性”复归“本然之性”，其具体实践过程就是《大学》中的格物→致知→诚意→正心→修身→齐家→治国→平天下，但其中的内涵已不同于《礼记》中的《大学》篇，格物穷理、存心养性、主静持敬等被置于其中，使个人所穷之理与道德修养、政治事功、本体之理融为一体。
对此，丸山以“合理主义”称之，并指出：“朱子学的理，是物理的同时，也是道理。是自然的同时，也是当然。其中，自然法则与道德法则是连续的……需要注意的是，这种连续性不是对等的，是从属的。
物理对于道理，自然法则对于道德规范，完全是从属的，不是对等的。”正因如此，丸山肯定了朱子学在江户幕府成立初期稳固社会秩序和人心的作用，一度成为江户时代的“官学”，但紧接着指出，江户日本不是“持续的帝国”，朱子学只是一时发挥了作用，时间一长，其思想的停滞性必将难以适应日本社会的发展，于是，质疑朱子学的声音便先后出现。
其中，最具代表性的学派就是古学派。丸山把素行、仁斋和徂徕对朱子学的批判与解构，视为他们从学理层面斩断了自然法则与道德法则、物理与道理的连续性，这是他与井上对古学派解读的不同之处。
在他的思想体系内，从素行开始，他批判了穷理、主静等道德修养方式，不仅否定了朱子学中“穷理”与“道德修养”间的关系，还指出个人道德与政治事功（治国、平天下）之间无甚关联。
与素行相比，仁斋对朱子学的批判更为深入，尤其是针对“理”“太极”等“形而上”内容，更是彻底予以否定，认为这些说法全部来自佛老之教，不是真正的圣人之道。至于宇宙论、天道论、道德论，三者全无必然联系，天道是天道，人道为人道，而圣人之道更是不离人道，此外无道。
徂徕则是在人道的基础上将“道德”分为“公德”与“私德”，前者是指社会的、政治的、对外的领域，后者包括个人的、自身的、对内的领域，但二者并不是对等的，“私德”让位于“公德”，折射出徂徕的政治优越论取向。
之所以如此，是因为徂徕的“道论”以“圣人之道”为主，而“圣人之道”的本质绝不是教人如何格物、致知、正心、诚意、修身、齐家，其核心内容在于治国平天下，而治国平天下的具体方法则蕴藏在“六经”之中，是故，圣人之道为“安天下之道”，而非其他。
不难发现，丸山对于徂徕“道论”的解读与井上几乎一致，亦特别指出，圣人之所以为圣人，主要原因在于他们是“道”的制作者，而能称为圣人的人，只有尧舜等圣君以及孔子，突出强调他们“制礼作乐”的事功。
至此，朱子学的连续性思维被彻底解构，“穷理的能力被停止，圣人是不同于一般人的异质存在，规范与自然连续性的绝对严肃主义被破坏，治国平天下从修身齐家中独立出来。”重要的是，对于“徂徕学”的政治优越论，丸山还特意指出其产生与江户中期（元禄、宝永、正德、享保）的社会变革密切相关。
由于元禄时代以来商品经济的发展，严重地冲击了江户初期确立的“士农工商”四民等级秩序，使得处于首位的“武士”不得不依靠借贷生活，而处于末位的“商人”一跃为主导力量，占据了社会大量财富。
徂徕首先发现这一社会危机及其对幕府的危害，并意识到仅依靠道德说教而提高个人的私德不可能改变危机，必须由幕府通过“制礼作乐”的政治改革（即公德）才能真正挽救危机，后来的享保改革（１７１６—１７４４）证实了徂徕的先见之明。
关键的是，丸山将古学派的学术思想与欧洲思想史的发展脉络进行比对，指出，古学派对朱子学自然秩序的瓦解如同中世纪的个人、法律摆脱神学的束缚。
在他看来，神学在中世纪的欧洲占据主导地位，法律、政治、文化等世俗内容全部从属于宗教神学，其亦是扮演着毋庸置疑的“自然秩序思想”的角色，以法律为例，“法律对于中世纪思想家而言，就是王，但它不是人制定的……在自然范围内，它是具有神意的人类理性不可避免的产物。
不管从哪一点来看，法是普遍的、永久的……所有人的行为，都是早已存在于决定一切的法的氛围中的事件。”重要的是，欧洲中世纪的人们开始摆脱神学的束缚，按照自己的意志重新制定所有秩序，作为自然秩序的神学逐渐世俗化，标志着近代性思想的产生。
以此为标准，审视朱子学自然与道德连续性思维被古学派解构的过程，与之相关的政治、历史、文学等亦脱离了朱子学的思想体系，取而代之的是“安民”“实证”等价值取向，而这一取向所凸显的主旨则是“个人主体意识”，即“个人发现”。
换言之，古学派对朱子学中的“形而上”内容的解构与抛弃，使人性从“理气”“太极”等本体思想的束缚中独立出来，强调圣人“制作”的重要性，而日本的“近代性”思想亦在此过程中产生，此为丸山解读古学派的重要价值取向。